Le professeur Layton et son jeune apprenti, Luke, se rendent dans le petit village de Saint-Mystère, suite à une lettre envoyée par Dahlia Reinhold, la veuve du baron Reinhold. Ce dernier avait écrit dans son testament, que la première personne qui résoudra le mystère de la « Pomme D'Or » héritera de toute sa fortune. Plusieurs personnes ont déjà essayées mais sans succès. C'est pourquoi la baronne a contacté le professeur, afin qu'il puisse enfin percé le secret. S'ensuit alors une longue aventure bâti sur des énigmes subtils et complexes posées par les habitants de Saint-Mystère...